Aus Ammonium wird mittels Bakterien aus der Nitrosomonas-Gattung Nitrit produziert. Dieses ist für Fische hochgiftig. Es wird anstelle von Sauerstoff an die roten Blutkörperchen gebunden, weshalb die Fische Sauerstoffmangel-Symptome zeigen. Nitritgehalte über 0,5 mg/l wirken bereits auf die meisten Fische toxisch. Einige sehr empfindliche Fische können diese Symptome bereits bei deutlich niedrigeren Werten zeigen.
Nitrit tritt im Aquarium hauptsächlich während der Einfahrzeit in erhöhter Konzentration auf. Nach medikamentöser Behandlung kann es wegen der Schädigung der Bakterienflora ebenfalls zu erhöhten Werten kommen. Dann sollte reichlich Wasser gewechselt werden, um wieder in ungefährlichen Bereiche zu gelangen.
Nitrit wird von Pflanzen relativ gern verwertet, wenn Ammonium nur in geringen Mengen vorhanden ist. Daher stellen Spuren davon im Aquarium keine Gefahr dar. NO2 sollte dennoch in Bereichen liegen, die von den üblichen Messreagenzien nicht mehr erfasst werden können. Bei der Wahl des Messbestecks sollte darauf geachtet werden, dass Werte bis hinunter zu 0,1 mg/l noch zuverlässig dargestellt werden können.
Nitrit wird von Bakterien der Gattung Nitrobacter zu Nitrat aufoxidiert. Sie gehören ebenfalls zu den autotrophen Bakterien, die sich ausschließlich von anorganischen Stoffen ernähren. Sie benötigen neben Sauerstoff und Spurenelementen auch CO2 für ihren Stoffwechsel. Daher sollte es ausreichend verfügbar sein, damit der pH-Wert nicht unnötig erhöht wird.
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