Die Filterreinigung sollte grundsätzlich mit Aquariumwasser erfolgen. Es reicht, wenn der grobe Schmutz entfernt wird, damit die Gefahr der Verschlammung reduziert wird. Leitungswasser sollte niemals zur Reinigung verwendet werden, da dieses oftmals aggressiv wirkt und die Temperaturdifferenz ebenfalls viele Bakterien und Mikroorganismen abtöten kann.
Innenfilter sollten mindestens einmal wöchentlich gereinigt werden, Außenfilter mindestens einmal monatlich.
Die Empfehlung, einen Filter solange ungereinigt laufen zu lassen, bis fast kein Wasser mehr heraus kommt, sollte nicht befolgt werden. Grund für diese sehr verbreitete Empfehlung ist die Beobachtung, dass ein sehr langsam arbeitender Filter deutlich bessere Ergebnisse für das Aquarium und insbesondere für einen prächtigen Pflanzenwuchs liefert. Diese Beobachtung ist absolut richtig, doch wurde dabei Ursache und Wirkung vertauscht. Man nahm an, dass die Verbesserung des Milieus mit der Menge des Mulmes im Filter zusammenhängt. Diese Schlussfolgerung ist allerdings so nicht richtig. Ursache ist der sehr langsam arbeitende Filter (siehe auch langsame oxidative Biofilter).
Den gleichen Effekt erzielt man, wenn man den Filter druckseitig drosselt, also an der Seite, an der das Wasser wieder in das Aquarium zurückläuft. An der Saugseite sollte eine Drosselung vermieden werden, da hierbei der Antrieb Schaden nehmen könnte, weil der Schmierfilm aus Wasser zwischen Achse und Rotor abreißen und Verschleiß die Folge sein könnte. Aus dem gleichen Grund sollte auch die Verschlammung des Filters vermieden werden.
Einer der Hauptgründe, die Verschlammung unbedingt zu vermeiden, liegt in der eingeschränkten Siedlungsfläche, die ein verschlammter Filter für die Organismen bietet. Es findet eine Verarmung an Organismen statt, die in einem gesunden Filter in reichlicher Zahl vorhanden sind. So findet man eine Vielzahl von Einzellern, Würmern, Kleinkrebschen und teilweise sogar Schwämme und Hydroidpolypen in einem gesunden Filter. In einem verschlammten Filter reduziert sich mit der Menge des eingelagerten Mulmes auch die Bandbreite der darin lebenden Tiere und Bakterien. Das führt zu einem unvollständigen Abbau der Stoffwechselprodukte im Wasser bis zu einem Kippen des Filters, was unbedingt vermieden werden sollte. Teilweise kann es sogar zur Bildung von Methan kommen, was sich durch Gasbildung im Filter bemerkbar macht.
Daher ist unbedingt anzuraten, den Filter regelmäßig zu reinigen, damit es nicht zu unkontrollierbaren Prozessen kommen kann.