Vom Prinzip her sind beide Geräte nur elektrische Heizkabel, die unter dem Bodengrund eingebaut werden. Der Unterschied liegt jedoch im Detail.
Die Bodenheizung besteht aus einem Heizkabel, dessen Leistung überdimensioniert ist. Dabei sollen die Temperaturschwankungen in der Wohnung komplett abgedeckt werden. Diese Geräte müssen geregelt werden, um eine Überhitzung des Aquariums zu vermeiden. Der Bodenfluter besteht demgegenüber aus einem Heizkabel, dessen Leistung unterdimensioniert ist. Sie soll möglichst ungeregelt arbeiten. Das ganze Jahr hindurch wird eine konstante Heizleistung in den Bodengrund eingebracht. Beide Systeme arbeiten höchst effizient, was man von Fußbodenheizungen im Wohnbereich bereits kennt. Der Unterschied liegt also einzig darin, dass die Bodenheizung geregelt wird und der Bodenfluter normalerweise nicht. Warum besteht dennoch ein Unterschied?
Bei der Bodenheizung wird im Vergleich deutlich mehr Heizenergie in den Bodengrund eingebracht, die eine relativ hohe Temperaturdifferenz zwischen Bodengrund und Wasser bewirkt. Der Bodengrund wird stark aufgeheizt, bevor die richtige Wassertemperatur erreicht ist. Wird die Bodenheizung dann abgeschaltet, befindet sich im Bodengrund sehr viel gespeicherte Heizenergie, die langsam an das Wasser abgegeben wird. Erst wenn diese Energie weitestgehend aufgebraucht ist, schaltet die Heizung wieder ein und der Bodengrund wird erneut stark aufgeheizt. Es entstehen also recht große Temperaturschwankungen darin, die weder von den Mikroorganismen, noch von den Pflanzen gut vertragen werden. Es entsteht zudem eine verhältnismäßig starke Thermik während der überhitzten Phase (Wasserbewegung durch Temperaturdifferenz). Während der Abkühlungsphase nimmt die Thermik ab und kann fast völlig zum Erliegen kommen. So entstehen neben den großen Temperaturschwankungen auch noch große Schwankungen bei dem Wasserdurchsatz im Bodengrund. So wird im einen Fall sehr viel belastetes Wasser in den Bodengrund eingebracht, das während der kalten Phase kaum abgebaut werden kann. Da zudem viele Mikroorganismen mit diesen starken Schwankungen in den Lebensbedingungen nicht zurecht kommen und entsprechend ein normaler Abbau kaum stattfinden kann, verdichtet sich der Bodengrund recht schnell und es kann nach mehr oder weniger langer Zeit zum plötzlichen Kippen kommen. So sind die Bodenheizungen sehr häufig für die Aquarien zu Zeitbomben geworden.
Demgegenüber finden bei dem Bodenfluter so gut wie keine Schwankungen der Temperatur statt. All die Vorteile, die sich daraus ergeben, können ohne Probleme umgesetzt werden. Es findet eine sehr konstante aber schwache Durchflutung des Bodengrundes mit Aquariumwasser statt. Dabei laufen folgende Prozesse ab:
Wenn also die Entscheidung für eines dieser beiden Systeme ansteht, kann nur zu dem Bodenfluterprinzip geraten werden. Trotz ähnlicher Ausführung sind die Wirkmechanismen völlig anders.
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