Wegen seines Wirkprinzips sind ausgesprochen lange Standzeiten möglich, bevor eine Reinigung erfolgen muss. Wie in jedem anderen Filter auch, können sich innerhalb des Filterschwammes Sedimente anlagern, die aus ausgefällten, wasserunlöslichen Stoffwechselprodukten bestehen. Um eine Verschlammung zu verhindern, ist es angeraten, die Filterschwämme etwa einmal jährlich zu reinigen. Dabei sollten niemals alle Schwämme gleichzeitig gereinigt werden. Je nach der Anzahl der Filtereinheiten erfolgt die Reinigung gleichmäßig verteilt auf das gesamte Jahr. Bei vier Einheiten sollte also etwa alle drei Monate einer der Schwämme gereinigt werden. Bei sechs Einheiten soll entsprechend alle zwei Monate ein Schwamm von den enthaltenen Sedimenten befreit werden. Idealerweise sollte hierfür Aquariumwasser verwendet werden. Dadurch werden die Bewohner des Filtermaterials zu einem beträchtlichen Teil geschont, wodurch eine völlige Neubesiedlung nicht erforderlich ist.
Bei starker Fütterung mit Gemüse kann es in den Filterschwämmen zu einer Verschleimung durch z.B. Stäbchenbakterien kommen. Das ist zwar nicht unbedingt schlimm, kann jedoch die Diffusionsgeschwindigkeit etwas einschränken. Als geeignete Gegenmaßnahme kann der Filter gezielt mit Krebstieren, wie Garnelen, Cyclops oder Gammarus besetzt werden. Sie sorgen für eine Reduzierung der Bakterienmenge. Gleichzeitig vermehren sich die Tiere und können als wertvolle Futterergänzung für die Fische verwendet werden.
Viele der Filterbewohner reagieren ausgesprochen sensibel auf Medikamente, weshalb deren Einsatz unbedingt vermieden werden sollte, will man die Mikrofauna nicht massiv schädigen. Neben dem Fischmedikamenten besitzen Algen- und Schneckenvernichtungsmittel gleiche schädigende Wirkung auf den Filter. Ist der Einsatz der Medikamente unumgänglich, muss der Filter von dem System abgetrennt und intern weiter betrieben werden. Nach Abschluss der Behandlung und Entfernung der Medikamentenreste mittels Teilwasserwechsel und Einsatz einer guten Aktivkohle, kann der Filter wieder in den Kreislauf integriert werden. So kann sich das Aquarium schneller wieder erholen.
Mulmansammlungen im Diffusionsfilter sollten regelmäßig entfernt werden, weil sie für das System keinen großen Nutzen darstellen. Siehe hierzu auch unter "Mulm, was ist das?".
Mehrstündige Stromausfälle schaden dem Diffusionsfilter in aller Regel nicht. Die Mikroorganismen werden weiterhin mit Sauerstoff über die Wasseroberfläche versorgt, weshalb ein Kippen des Filters ausgeschlossen sein sollte.